基礎(chǔ)工具Clustalx的使用方法

今天小編就為大家?guī)砘A(chǔ)工具Clustalx的使用方法。CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。

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ClustalX 1.83 官方版
大小：502 KB
日期：2019/9/20 11:49:57
環(huán)境：WinXP,Win7,

Clustal是一種利用漸近法（progressive alignment）進(jìn)行多條序列比對的軟件。即先將多個序列兩兩比較構(gòu)建距離矩陣，反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系；然后根據(jù)距離矩陣計(jì)算產(chǎn)生系統(tǒng)進(jìn)化指導(dǎo)樹；然后從多條序列中最相似（距離近期）的兩條序列開始比對，按照各個序列在引導(dǎo)樹上的位置，由近及遠(yuǎn)的逐步引入其它序列重新構(gòu)建比對，直到所有序列都被加入形成最終的比對結(jié)果為止（Figure 1）。

基礎(chǔ)工具Clustalx的使用方法圖一

clustal 算法：

Clustal軟件有兩個版本，其中clustalw采用命令行的形式在DOS/Linux下運(yùn)行的， Clustalx是可視化界面的程序，可在window電腦運(yùn)行，我們今天學(xué)習(xí)Clustalx的使用。

1 安裝clustalx：

下載clustalx軟件，按照默認(rèn)安裝到自己的電腦上。

2 準(zhǔn)備要比對的序列：

將上節(jié)課搜索到的同源核酸fasta文件，全部粘貼到一個文本文件中，所有的蛋白質(zhì)序列存入另一個文本文件。

基礎(chǔ)工具Clustalx的使用方法圖二

3 載入序列：

點(diǎn)擊開始－程序－clustalX2－clustalX2。

點(diǎn)主菜單File，選擇Load Sequence-選擇剛保存的序列文件，點(diǎn)打開。

注意：ClustalX程序無法識別漢字、帶空位的文件夾名，如my document。

載入序列后在左側(cè)窗口里是fasta格式序列的標(biāo)識號，取自序列第一行“>”后的字符。

4 比對參數(shù)的設(shè)置：

比對前先要設(shè)置兩條序列比對的參數(shù)和多條序列比對的參數(shù)。

a.兩條序列比對的參數(shù)

點(diǎn)擊Alilgnment菜單，選擇Alignment Parameters，再選擇Pairwise Alignment Parameters，如Figure 3，首先可以選擇比對的效果，是slow/accurate 還是fast/approximate。第一種模式采用的是動態(tài)規(guī)劃算法進(jìn)行比對的，第二種模式采用的是啟發(fā)式的算法。除非序列非常長，一般采用第一種模式�？梢赃x擇空位罰分系統(tǒng)，DNA或蛋白質(zhì)替換矩陣，也可以自己上傳某個替換矩陣進(jìn)行比對。

b.多條序列比對參數(shù)

點(diǎn)擊Alilgnment菜單，選擇Alignment Parameters，再選擇Multiple Alignment Parameters，如Figure4.

Delay divergent sequence是指當(dāng)兩條序列的差異大于某個值（百分比）時，這兩條序列的比對將推遲進(jìn)行，程序先比對相似序列，對于相似度不夠高的序列，晚些時候進(jìn)行比對，加入到最終的多條序列比對結(jié)果時也要遲些。DNA transition Weight等于0的時候，程序?qū)⑥D(zhuǎn)換當(dāng)作錯配（mismatch）看待，等于1的時候，將轉(zhuǎn)換和匹配同等看待。當(dāng)參與比對的序列差異較大時，DNA transition Weight應(yīng)該選擇的小些（接近0），如果參與比對的序列差異較小時，DNA transition Weight可選擇的大些（接近1）。

基礎(chǔ)工具Clustalx的使用方法圖三

5 設(shè)置輸出格式：

點(diǎn)擊Alignment菜單，選擇Output Format Options，頁面如Figure 5。

默認(rèn)的是輸出clustal format，如果需要其它格式，可在復(fù)選框里打勾。如PHYLIP格式是利用PHYLIP軟件進(jìn)行建樹時，需要輸入的格式

6 進(jìn)行比對：

點(diǎn)擊Alignment菜單，選擇Do Complete Alignment.此時出現(xiàn)一個對話框，提示比對結(jié)果保存的位置，上一步選擇了多少種輸出格式，這里就需要給出多少個文件的路徑。選擇好了點(diǎn)OK即可。

ClustalX 1.83 官方版

• 軟件性質(zhì)：國外軟件
• 授權(quán)方式：免費(fèi)版
• 軟件語言：英文
• 軟件大小：502 KB
• 下載次數(shù)：615 次
• 更新時間：2019/9/17 13:29:54
• 運(yùn)行平臺：WinXP,Win7,...
• 軟件描述：CulsTAL X是CulsSTW多序列比對程序的Windows接口。它提供了用... [立即下載]