clustalx

時間：2019-10-15 10:54:53 作者：無名瀏覽量：66

今天小編就為大家?guī)韈lustalx的相關(guān)資訊，希望大家能夠喜歡。CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。

ClustalX官方版是一款非常受歡迎的序列比對分析軟件，ClustalX官方版界面簡潔大方，功能方便實用，被廣泛應(yīng)用于多重比對不同物種的序列，以確定該序列與其它序列間的同源性大小，使用起來簡單方便。

軟件簡介:

CClustal X為進行多重序列和輪廓比對和分析結(jié)果提供一個整體的環(huán)境。

序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對和輪廓比對需要的所有選項。

Clustalx 圖一

主要功能：

你可以剪切、粘貼序列以更改比對的順序；

你可以選擇序列子集進行比對；

你可以選擇比對的子排列(Sub-range)進行重新比對并可插入到原始比對中；

可執(zhí)行比對質(zhì)量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。

應(yīng)用:

Clustalx比對結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的前提

Clustalx 圖二

流程：

載入序列―>編輯序列―>設(shè)置參數(shù)―>完全比對―>比對結(jié)果

后續(xù)分析：

Clustalx比對生成的結(jié)果可讀性不是太好，一般需要專業(yè)的序列著色軟件處理，如Boxshade、ESPript，這兩個工具都是在線進行，其中Boxshade圖解教程詳見本Blog日志。

轉(zhuǎn)換ALN文件，進一步構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，轉(zhuǎn)換格式依不同軟件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要將ALN格式轉(zhuǎn)換為PHY格式方可...

Clustalx 圖三

注意事項：

dnd是向?qū)湮募�，可以用TreeViews軟件查看樹圖。注意：向?qū)洳皇窍到y(tǒng)發(fā)育樹，兩者區(qū)別敬請關(guān)注近期－系統(tǒng)發(fā)育分析專題。

多重比對文件推薦要求為規(guī)范的FASTA格式，文件擴展名不限，格式大致如下：

使用說明

下載ClustalX官方版完成后不要在壓縮包內(nèi)運行軟件直接使用，先解壓;

軟件同時支持32位64位運行環(huán)境;

如果軟件無法正常打開，請右鍵使用管理員模式運行。

ClustalX 1.83 官方版